رییسجمهور کشورمان در واکنش به ترور محسن فخریزاده گفت: همه اتاقهای فکر و همه دشمنان ایران به خوبی بدانند ملت ایران و مسئولین کشور شجاع تر و غیورتر از آن هستند که این اقدام جنایتکارانه را بیپاسخ بگذارند. صحبت های حسن روحانی بازتاب زیادی در رسانه های عربی به دنبال داشت.
سفارت لبنان در ایران در پیامی ترور محسن فخری زاده را محکوم کرده و خواستار محاکمه بانیان آن شد.
رئیس سازمان صدا و سیما در پیامی شهادت دانشمند مجاهد و برجسته هستهای و دفاعی کشور شهید محسن فخری زاده را محضر رهبر معظم انقلاب اسلامی (مدظله العالی)، مردم شریف ایران اسلامی و خانواده مکرم آن شهید تبریک و تسلیت گفت.
خبرگزاری رویترز در گزارشی اعلام کرد که رژیم صهیونیستی پس از ترور دانشمند برجسته کشورمان، سفارت خانه های خود در سراسر جهان را به حالت آماده باش درآورده است.
سخنگوی دولت در واکنش به ترور شهید فخریزاده نوشت: این حق برای ملت ایران باقی است که براساس استراتژی مشخص معطوف به منافع و عزت ملی پاسخی قاطع که تعیین کننده ابعاد، زمان و مکان آن خواهد بود، بدهد.
رئیس جمهور گفت: ملت و مسئولان کشور شجاعتر و غیورتر از آن هستد که این جنایت را بی پاسخ بگذارند و در موقع مناسب پاسخ این جنایت را خواهند داد.
حجت الاسلام والمسلمین سید محمد خاتمی در پی شهادت محسن فخری زاده پیامی صادر کرد.
رئیس دفتر رئیس جمهور گفت: مذاکرات برجام قبلا انجام شده و مراحل خود را طی کرده است.
رئیس جمهور گفت: دولت آینده آمریکا نسبت به ملت ایران باید جبران کند سیاستهای نادرستی که دولت قبلی در طول چهار سال اعمال کرد.
دبیر شورای عالی امنیت ملی در توئیتی نوشت که هیچ پناهگاه امنی برای جنایتکاران و بدخواهان ملت ایران وجود ندارد.